| 授業科目名 | 生命情報学特論 | ||||||||||||||
| 時間割番号 | GLB505 | ||||||||||||||
| 担当教員名 | 幸田 尚 | ||||||||||||||
| 開講学期・曜日・時限 | 後期・火・II | 単位数 | 2 | ||||||||||||
| ＜対象学生＞ | |||||||||||||||
| 生命環境学専攻の学生 | |||||||||||||||
| ＜授業の目的および概要＞ | |||||||||||||||
| 生命科学の最新の解析技術は多くの場合コンピュータを用いた大量のデータ解析を伴うようになってきている。一方でまだバイオインフォマティクスの専門家と生命科学の実験科学者の間の溝は小さくない。この講義では大規模なデータを扱うための基礎的なコンピュータの使い方を習得しつつ、バイオインフォマティクスで何ができるのかを理解することを目的とする。 | |||||||||||||||
| ＜到達目標＞ | |||||||||||||||
| コンピュータを使った簡単な解析のためのプログラミングの基礎知識を習得する。遺伝子発現解析やエピゲノム解析などの基礎的な実験技術とその解析法、統計処理などについて理解する。 | |||||||||||||||
| ＜授業の方法＞ | |||||||||||||||
|
講義とコンピュータを使った実習を行う。随時演習やレポートによって理解を深める。実習にあたっては、各自のPCを使うことを予定しているので、１回目の講義の際に使えるPCの仕様等の確認を行う。 2022年度の本授業は、原則ライブ型のオンライン授業を実施し、Moodle上で課題や小テストを実施するオンデマンド型と併用するハイブリッド型で行う。 ライブ型：Zoom、Teams等テレビ会議システムを利用 同時双方向リアルタイム動画配信授業 オンデマンド型：Moodle,CNS、メール等を利用 資料配布、課題提示などによる非同期授業 |
|||||||||||||||
| ＜成績評価の方法＞ | |||||||||||||||
|
|||||||||||||||
| ＜受講に際して・学生へのメッセージ＞ | |||||||||||||||
| 分子生物学の基礎的知識を前提としますが、コンピュータの使い方についてはゼロから解説することとします。コンピュータの使い方を知るのは外国語の習得と似たところがあります。実用的、実践的な講義を目指しています。 | |||||||||||||||
| ＜テキスト＞ | |||||||||||||||
|
|||||||||||||||
| ＜参考書＞ | |||||||||||||||
|
|||||||||||||||
| ＜授業計画の概要＞ | |||||||||||||||
|
第１回：この講義の概要と目的 第２回：UNIXを使うための準備 第３回：基本的なUNIXコマンド 第４回：基本的なUNIXコマンド２ 第５回：次世代シーケンサーのデータ解析・ツールのダウンロードとインストール 第６回：次世代シーケンサーデータのマッピング 第７回：Rの基本 第８回：Bioconductor 第９回：DEG解析、多重比較について 第10回：NGS解析の概説 第11回：De novo ゲノム解析／環境ゲノム・メタゲノム 第12回：Pythonを使ってみる１ 第13回：Pythonを使ってみる２ 第14回：Pythonを使ってみる３ 第15回：総括 ゲノム科学とバイオインフォマティクス |
|||||||||||||||