授業科目名	生命情報学特論
時間割番号	GLB505
担当教員名	楠木　正巳／大山　拓次／野田　悟子
開講学期・曜日・時限	後期・火・II	単位数	2
＜対象学生＞
生命環境学専攻の学生
＜授業の目的および概要＞
近年の生命科学データベースは情報量が肥大化し、かつスタイルも多様化している。一方、それら既知情報に基づいた未同定遺伝子（核酸）の機能予測、構造未知タンパク質の立体構造予測や超分子複合体ドッキングモデル予測、プロテインネットワークに基づく分子レベルでの機能的相互作用の予測、さらには核酸情報に基づく生物進化トレースなどを可能とする先進的WEBベースのサーバーも多数台頭している。そこで、単なるデータベースからの情報閲覧や抽出に留まらず、標的遺伝子やタンパク質の構造や機能を予測するというバイオインフォマティクスの先端的な活用法について詳説する。
＜到達目標＞
核酸やタンパク質アミノ酸配列データベースの登録情報の詳細について学ぶ。データベースから必要な情報を抽出し、利用する知識を、演習を通して習得する。特に、統合データベースと各種データベースの間の相互アクセスを通して必要情報を効率よく十分に得る手法を知る。さらに、標的遺伝子やタンパク質の構造および機能を予測するプログラムやサーバーの活用法を学ぶ。
＜授業の方法＞
講義および演習を行う。
＜成績評価の方法＞
No 評価項目 割合 評価の観点 1 小テスト／レポート  60  % 講義・演習内容に基づいたレポートを課し、理解度を評価する。  2 発表／表現等  40  % 演習・課題を通じて生物情報の取得・活用法をマスターできたかを評価する。
＜受講に際して・学生へのメッセージ＞
核酸やタンパク質の化学的知識および分子生物学的知識を有し、データベース検索を効率的に行うために必要となる統計学的概念を有することが望ましい。
＜テキスト＞
特に指定しない
＜参考書＞
特に指定しない
＜授業計画の概要＞
第１回　生命科学データベースおよび統合データベースの概要<BR>第２回　学術論文の投稿、電子ジャーナルの仕組みと利用法<BR>第３回　学術論文要約データベースの内容と活用法<BR>第４回　遺伝子塩基配列データベースの内容と活用法<BR>第５回　タンパク質アミノ酸配列データベースの内容と利用法<BR>第６回　統合データベースの内容と利用法、およびデータベース間の相互アクセス<BR>第７回　分子進化とアミノ酸置換行列<BR>第８回　遺伝子塩基配列とタンパク質アミノ酸配列の検索・比較の原理<BR>第９回　配列多重アラインメント<BR>第10回　進化系統樹と進化トレース<BR>第11回　タンパク質立体構造予測の原理と構造予測サーバーの活用法<BR>第12回　タンパク質およびタンパク質超分子複合体モデリング<BR>第13回　タンパク質立体構造データベースの利用法<BR>第14回　タンパク質立体構造グラフィックスソフトウエアの利用法<BR>第15回　総括