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授業科目名
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バイオインフォマティクス
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時間割番号
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L10030
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担当教員名
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楠木 正巳
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開講学期・曜日・時限
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前期・月・II
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単位数
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2
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＜対象学生＞
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電子ジャーナルの検索と使い方，蛋白質と核酸のデータベース，生物関連のソフトウェアなどに興味を持つ学生。
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＜授業の目的および概要＞
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生命科学には多種多様な分子情報、文献情報のデータベースがあり、生命科学の研究、教育に重要なツールとなっている。内容は山梨大学電子ジャーナルの利用法、生物学の文献データベースPubMed、 タンパク質(Uniprot)や核酸の配列データベース、タンパク質立体構造データベース(PDB)について学び、適宜演習を行う。さらに配列相同性検索Blast、配列の多重アラインメントClustalW、蛋白質立体構造の比較・検索、グラフィクス表示などのソフトウェアを理解する。さらに余裕があれば、NCBIのBookshelf, PubMed Central, PubChem, パスウェイ，ゲノム情報などについても学ぶ
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＜到達目標＞
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生命科学の基本的なデータベースの内容を理解し，利用方法を修得する。WEBベースの生命科学のデータ解析ソフトウェアのアルゴリズム，概念，利用方法を理解する。データベースとソフトウェアの相互の関連，タンパク質や核酸など生体高分子の関連について理解することを目標とする。
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＜授業の方法＞
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講義と演習
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＜成績評価の方法＞
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| No | 評価項目 | 割合 | 評価の観点 |
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| 1 | 試験：期末期 | 60 % | 基本的のことを理解していることを確認する。 | | 2 | 小テスト／レポート | 20 % | 演習により理解を深める。 | | 3 | 受講態度 | 20 % | 演習などに参加することが大事である。 |
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＜受講に際して・学生へのメッセージ＞
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(未登録)
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＜テキスト＞
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(未登録)
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＜参考書＞
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- 美宅成樹，榊原佳之 編, バイオインフォマティクス, 東京化学同人, ISBN:4-8079-1428-6
- 岡崎 坊農 監訳 Mount 著, バイオインフォマティクス, メディカル・サイエンス・インターナショナル, ISBN:4-89592-426-2
- A. M. Lesk 著 坊農秀雅 監訳, ゲノミクス, メディカル・サイエンス・インターナショナル, ISBN:978-4-89592-589-1
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＜授業計画の概要＞
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第１回：生物科学のデータベースとソフトウェアの概要<BR>第２回： 研究から論文の投稿、電子ジャーナルのしくみと利用<BR>第３回：文献検索，NCBI の文献アブストラクトデータベースPubMedの内容<BR>第４回：文献アブストラクトデータベースPubMedの使い方<BR>第５回：タンパク質の一次構造、二次構造、三次構造<BR>第６回：分子進化とアミノ酸置換行列<BR>第７回: タンパク質配列データベース UniProt, FASTAフォーマット<BR>第８回：タンパク質、核酸の配列アラインメント,Blast 検索とアルゴリズム<BR>第９回：配列多重アラインメントClustalW<BR>第１０回：タンパク質立体構造データベースProtein Data Bank の内容<BR>第１１回：タンパク質立体構造データベースProtein Data Bank の使い方<BR>第１２回：タンパク質立体構造のグラフィクスソフトウェアPyMolの使い方１<BR>第1３回：タンパク質立体構造のグラフィクスソフトウェアPyMolの使い方2<BR>第1４回： NCBIのその他の機能<BR>第1５回：総括。総合評価。
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